Naruto Shippuden Movie 2 стал пятым по счету полнометражным фильмом Naruto. На деревню Скрытого Листа с воздуха нападают неизвестные ниндзя, застав жителей врасплох. Шиноби деревни делают всё, чтобы защитить мирных жителей. Наруто помогает старику вытащить из-под обломков здания задавленного человека. Старик оказывается врачом и предоставляет пострадавшему помощь.
В госпитале медики удивлены тому, что раненным уже успели помочь. Наруто рассказывает, что видел старика, но его перебивает девушка по имени Амару, объясняя, что это был её учитель. Вскоре сенсей сам приходит в госпиталь и просит Узумаки помочь остальным жителям страны, подвергшимся нападениям.
События фильма 5 происходят во времена уже взрослого Наруто, поэтому сопровождать Амару и Шинно он идет один. К ним присоединяются Сакура и Хината, которые владеют медицинскими навыками. Во время спуска по реке, Наруто получает укус ядовитой рыбы, но Амару оперативно помогает ему. Мультфильм рассказывает о судьбе Амару, которая подвергалась насмешкам из-за болезни, но Шинно вылечивает её и обучает медицине.
Когда герои добираются до места назначения, то видят только огни и развалины. Амару убегает вперед, пытаясь найти хоть одного уцелевшего, но тел нигде нет. Из огня кто-то начинает стрелять кунаями и Шинно загораживает собой ученицу, жертвуя собой. Амару горюет у могилы учителя, вспоминая его слова и наставления.
Позже Сакура и Наруто сталкиваются с Амару, которая одержима демонической силой Бесхвостого. Негативные эмоции Амару пробудили силы демона. Демон вынуждает и Наруто активировать силу Девятихвостого, но от полной трансформации его останавливает свиток, который ему дал Джирайя.
Наруто проникает на странное сооружение, внутри которого встречает живого Шинно. Сюжет аниме рассказывает о том, что Бесхвостый находится под контролем сенсея и питается чужой чакрой, а в ближайших планах учителя уничтожить страну Огня и возродить страну Неба. Сооружение поднимается в воздух и производит выстрел. Шинно насмехается над Амару, но Наруто приводит её в чувство. Амару находит пленных, среди которых была Хината и освобождает их.
Также в Шипуден фильм 2 зрители наконец увидят встречу Саске и Наруто. Саске прибывает по поручению Орочимару и застает битву старого напарника команды 7 и Шинно. Соперник сбегает в сердце сооружения, но Учиха помогает Узумаки справиться с ним. Покончив со злодеем, Naruto прощается с Саске и отправляет его прочь с сооружения. Учиха некоторое время наблюдает за Наруто с земли и возвращается к Орочимару с пустыми руками.