Второй фильм Naruto показывает как простая миссия обернулась для героев опасностью. Фильм начинается с нападения на страну Ветра, в которой находится деревня Скрытого Песка. В бое участвуют знакомые ниндзя деревни — Гаара и его брат Канкуро. Несмотря на арсенал боевых техник, ниндзя терпят поражение. Нападающие прибыли на большом флоте, выстрел которого позволяет им скрыться.
Повествование аниме мультфильма идет во времена, когда маленький Наруто еще выполнял простые миссии. Одна из частых таких миссий – поймать сбежавшего питомца. Наруто, Сакура и Шикамару получили миссию по поимке хорька. Троица расставляет ловушки и ловит зверька, но тот оказывается смышленым и легко обходит их. Как только хорек попался, Узумаки шутит над тем, что он глупый и попадает в свою же ловушку. Троице оставалось только вернуть его владельцу, но по пути к месту назначения Шикамару замечает, что жилых зданий в том месте нет. В это время на них нападают те же люди, которые напали и на страну Ветра. Наруто замечает парня, владеющего странной силой, непохожей на ниндзюцу — Тэмуджина.
Наруто фильм 2 знакомит нас с кочевым народом, который ищет некие могущественные камни, чтобы положить конец бесконечным войнам. Бой Узумаки и Тэмуджина заканчивается землетрясением и сильными завалами, от которого оба теряют сознание. Naruto приходит в себя и обнаруживает раненного Тэмуджина рядом. Выясняется, что Тэмуджин напал на Наруто по повелению Хайдо, который лелеет мечты о создании утопии. Тэмуджин удивляется силе Наруто, ему незнакомы слова чакра или ниндзюцу. Увидев, что происходит внутри флота, Наруто приходит в ужас — Хайдо намерен принести в жертву своих друзей. Мультик ближе знакомит зрителей с судьбой кочевого народа.
Сюжет аниме мультфильма приобретает новый оборот, ведь опасность угрожает всему миру шиноби. Шикамару и Сакура вступают в бой с приспешниками Хайдо, которые владеют странными силами. Сакура одолевает противника его же приемом, отразив волну разрушительного звука, а Шикамару оказывается в тупике против летающего врага. Вовремя подоспевшие Гаара и Канкуро помогают ему одолеть врага и рассказывают Наруто всю правду о кочевниках. Выясняется, что Тэмуджин владеет силой одного из камней. Naruto пытается убедить злодеев в том, что друзей нужно защищать и никакая сила не поможет обрести им мир, если за этим стоят такие жертвы.