Сюжет 3 фильма Naruto разворачивается во времена, когда еще маленький Наруто выполняет миссию ранга «B». Обычно на такие задания отправляют джонинов, но Хокаге рискнула отправить команду юных чунинов во главе с Какаши. К команде №7 присоединяется их друг Рок Ли. Для Наруто миссия кажется несложной – защищать караван принца богатой Лунной страны, пока они не доберутся до дома. Весь путь караван пытаются безуспешно ограбить, но ниндзя справляются с охраной.
Аниме знакомит зрителей с принцем Лунной страны и его маленьким сыном Хикару. Хикару насмехается над Наруто и выглядит угрюмым. Также мальчик обладает невероятной меткостью, он всегда носит с собой игрушечный лук и стрелы. Ему без труда удается попасть Узумаки прямо в лоб игрушечной стрелой. Наруто раздражен поведением мальчика. По дороге домой караван останавливается у дома женщины, которая является матерью сына принца. Она отвергает попытки принца вернуть её, а за обещания богатства дает пощечину. В подавленном настроении, Хикару и его отец продолжают путь домой.
По дороге попадают на выступление бродячего цирка, где Хикару удается попасть в яблочко на голове циркового животного. Поразившись, управляющий цирком предлагает мальчику награду и тот просит отдать ему саблезубого тигра и обезьяну. Его отец соглашается купить всех животных, отчего циркачи приходят в уныние. Избалованный сын недоволен тем, что тигр не хочет играть с ним и убегает к себе, чем раздражает Наруто еще больше.
Мультфильм показывает Лунную страну – богатый и процветающий остров в форме полумесяца. Добраться до него можно только на корабле, но груз каравана во время шторма играет с принцем злую шутку. В опасности оказываются животные цирка, сын принца велит избавиться от них, так как они не оправдали его ожиданий. Naruto злится и высказывает то, что он избалованный и ничтожный, оставив его в слезах. Вскоре Хикару присоединяется к Наруто и его друзьям, пытаясь спасти своих зверей. Когда шторм утих, Наруто и Хикару становятся приятелями и обмениваются шутками. Тигр начинает показывать мальчику привязанность.
Сюжет мультика приобретает новый оборот – король Лунной страны свержен его министром и смертельно ранен. Последними словами короля были обращены к Какаши и его команде – защитить сына и внука во что бы то ни стало. Охрана принца решает переместить его и сына в другое место, ведь на острове стало опасно. Там наши герои столкнулись с троицей злодеев со странными способностями. Один из злодеев мог превращать людей в камень. Злодеи похищают принца и приводят его к министру и он решает казнить.
Узнав об грандиозном переполохе, сын впадает в уныние. Поддержать его пришел Наруто, который припомнил ему, что никогда нельзя сдаваться. Мальчику с луком удается освободить отца от петли с помощью меткого выстрела. В третьем фильме Хикару и Узумаки клянутся помогать друг другу всегда. Какаши, в это время, погружает всю охрану министра в гендзюцу своего шарингана. И тут в бой выходит сам Наруто.